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倪柝声的父母都是美以美会福州天安堂有名的教友，所以倪柝声在婴儿时期，就由美以美会的监督受洗。他在六岁时随家人回到原籍福州，住在仓山区海关巷14号。1916年，倪述祖就读于著名的英国圣公会所办的三一书院（即今位于今福州仓山区公园西路的福州外国语学校），接受西式教育，在该校是一名名列前茅的优等生。
1920年，倪柝声17岁，还在三一书院读书时，一位中国自由女布道家余慈度（倪林和平在上海时已经认识）来到福州，在美以美会天安堂传福音，他母亲倪林和平先接受了福音，并且行为方面有令人惊讶的改变：不仅放弃了打麻将的嗜好，而且主动为自己曾向家人发脾气而认罪悔改，请求家人的饶恕。
年轻的倪柝声对母亲的改变非常惊讶，因好奇也去天安堂听余慈度讲道，深受感动，接受了福音，并且愿意终身奉献，毅然放弃了他原来的理想和计划，并取了新的名字—倪柝声。他一度到余慈度在上海江湾开办的圣经学院受训练，不久因“太爱世界”被余慈度劝退，回福州续完成他的课程（主修化学）。
以后几年间，他一面刻苦勤读《圣经》，同时博览大批基督教历史名著；一面和一批年轻人，受余慈度介绍，赴已隐居在福州附近村庄白牙潭多年的年迈的英国女传教士和受恩那里求教（没有任何差会支持），从她那里得到属灵上极大的帮助，被她的属灵生活所折服（倪柝声形容她是“一位发光的基督徒”，1930年代倪两次访问西方，接触史百克等许多基督徒领袖以后，认为极少有人能与她的属灵深度相比），并且由于和受恩的介绍，接触到英国弟兄会和内里生命派的著作，对倪柝声一生的事奉道路产生深远的影响。
1921年，倪柝声发现幼年所受的点水礼不合乎圣经，于是到女教士和受恩处受浸。1922年暑假，19岁的倪柝声和24岁的海军军官王载决定跟随《使徒行传》上记载的初期教会的榜样，在福州仓山毓英女校王载的临时住所，开始第一次擘饼聚会，只有3人参加：王载夫妇和倪柝声。
之后，王连俊、陆忠信、缪绍训、王峙等相继加入（后来福州教会的七位同工），在仓前山子园王载家中聚会，建立了第一处脱离了宗派公会的地方教会——福州教会。1923年初，王载从南京请来女传道人李渊如开复兴布道会，人数逐渐扩增，后凭信心租用十二间排作为聚会场所。成为中国第一处聚会处。
1924年，因着王载去上海接受宣道会守真堂的美国传教士伍柏莱的按立，成为牧师，福州教会出现争议。倪柝声被革除，虽然当时他身在上海。倪弟兄为避免分裂，默默离开，隐居于福州郊区的马尾罗星塔，出刊《基督徒报》，并写下著名的诗歌《我若稍微偏离正路》。1924年，倪柝声访问马来亚实兆远，并于次年建立海外第一处地方教会。
1926年秋，倪柝声在闽南厦门工作期间，发现自己患了严重的肺结核病。这时，他接受邀请到南京，在养病的同时，帮成寄归翻译司可福圣经函授课程，加入李渊如等人已经在南京开始的擘饼聚会。1927年3月，北伐军进入南京时，发生攻击基督徒和外侨的事件，《灵光报》社被砸，李渊如于是离开南京迁往上海。
1927年，倪柝声一度病情加重，于是迁到无锡漕桥镇，专心写作《属灵人》。同年，倪柝声迁到远东最大的城市上海，此后直到1952年失去自由，这里一直是他工作和出版的中心，将福音书房也迁到那里，称为上海福音书房。在上海，他得到两位重要女同工汪佩真、李渊如的帮助，在地方立场上兴起了上海教会的见证。各处地方教会的行政都是独立的，由当地的长老们负责。上海教会最著名的一位长老是俞成华（1936年---1956年）。