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生崇岛上的激战仍在进行，利坚军于五月二十七日攻占了那霸，并继续向生崇岛的首府首里城攻击前进。五月三十一日，利坚军终于取得了重大进展，突破了意志军核心防御地带首里防线，海军陆战队攻入了已是一片废墟的首里城，第十集团军司令巴克纳满心喜悦以为生崇首府被占领，意味着战斗即将结束，但他的想法大错特错了，意志军困兽之斗反而更加疯狂！漫流率余部后退了约十公里，退到岛南端精心准备的最后防线，这是由两座山峰构成的天然屏障，地势崎岖险峻，意志军充分利用地形，筑有巧妙隐蔽的炮位和坑道工事，漫流决心以此为依托，战至最后一兵一卒。因此意志军的抵抗丝毫没有减弱，利坚军主要依靠喷火坦克开路，不少浑身着火的意志军冲出阵地，抱住利坚军士兵同归于尽，利坚军前进每一米依然非常艰难，面对意志军更加疯狂的抵抗，利坚军还以更猛烈的炮火，利坚军的海陆空密集火力对意志军据守的岛南部几平方公里地区进行了最猛烈的轰击，意志军虽然只剩下三万余人，大炮也损失过半，弹药更是所剩无几，但仍是死战不退。六月三日，哈尔西急于从被动挨打的生崇海域脱身，一面在生崇群岛各岛屿设立雷达站，形成早期预警雷达网；一面从律宾调来了部分海军陆战队航空兵的战斗机部队，进驻生崇岛机场。然后亲率第三十八特混编队北进，袭击意志军在九朱地区的航空基地。
六月四日，利坚军陆战六师的两个团在那霸西南的小禄半岛登陆，迂回攻击意志军侧背。六月五日，台风席卷意志九朱海域，利坚军第三舰队遭到了严重损失，有三十二艘舰船受创，一百四十架飞机损毁。为此哈尔西受到了军事法庭的调查，由伏虎恩特将军主持的军事法庭认为哈尔西违反了舰队在遇到大风暴时如何处置的相关规定，对这次损失负有责任，建议将其撤职或勒令退役，但米兹认为哈尔西是民族英雄，如果在战役尚未结束时就撤去职务，会挫伤利坚军的士气，长意志军的志气，因此没有对他进行处分。
六月八日，利坚军第三十八特混编队再次北上，空袭意志军在九朱地区的航空基地，随后哈尔西将希尔指挥的登陆编队留在生崇海域，以编队中的护航航母舰载机协同海军陆战队和陆军航空兵，保护登陆滩头和运输船只，自己率领第三十八特混编队返回莱特湾，当第三十八特混编队于六月十三日到达莱特湾时，这支英雄的部队已经在海上战斗了整整九十二天！部队将在莱特湾做短暂的休整，为七月间向意志本土发动最后一击做准备。
六月十七日，利坚军又投入预备队陆战二师，该师一个团在生崇岛南端的喜屋武岬附近登陆，协同正面和侧翼友军围歼意志军。此时意志军的局势已十分被动，遭到全歼只是时间问题了，为了避免不必要的伤亡，利坚军巴克纳用明码电报和广播向意志军劝降，漫流根本不为所动，以枪炮射击作为答复。
六月十八日，巴克纳中将亲临前线督战，当他在陆战八团团部附近小山上观察部队推进时，意志军一发炮弹飞来，四下崩飞的弹片和尖锐的碎石片击中他头部，当场身亡。要知道意志军当时炮火已极其微弱，当天在他到来之前，这里几小时都没有遭到过一次炮击，令人不可思议的是，意志军第一发炮弹居然就把这位中将集团军司令炸死了，他也就成为利坚军在整个大洋战争中阵亡的军衔和职务最高的将领。第十集团军司令由海军陆战队第三军军长盖格少将代理，盖格因此成为指挥最多陆军部队的海军陆战队将军。
六月十九日，漫流在编号第八十九的山洞坑道里向达斯根发出了最后的诀别电，然后指示部下做最后的决死进攻。六月二十二日，利坚军突破意志军的最后防线，攻到了生崇岛最南端的荒崎，并将残余意志军分割成三部分，意志军都很清楚，末日就要到来了，在坑道里，卫生兵给伤员注射大剂量的吗啡，使他们平静地死去。盖格乐观地宣布已经肃清了岛上意志军有组织的抵抗。
六月二十三日凌晨四时，漫流知道利坚军即将占领他所在的摩文仁坑道，脱下军装，与身边的参谋一一干杯，喝完了最后的诀别酒，然后开枪自杀。他的参谋长追随他开枪自杀，还有一些军官也随之集体自杀。至此，意志军有组织的抵抗才告平息，而零星意志军的抵抗仍在继续，清剿残余意志军的工作一直持续到六月底，七月二日，米兹正式宣布生崇战役结束。
生崇战役，从三月十八日利坚军航母编队袭击九朱开始，至六月二十二日生崇岛战斗基本结束，共历时九十六天，其中在生崇岛上的激烈战斗就有八十二天之久，意志军包括“大河”号战列舰在内的十六艘水面舰艇和八艘潜艇被击沉，约四千二百架飞机被击落击毁，意志军在生崇岛上的约五万守军，除九千余人被俘外，其余全部被歼，生崇岛的平民有七万人死伤。利坚军有三十二艘舰船被击沉，三百六十艘被击伤，其中有十三艘航母、十艘战列舰、五艘巡洋舰和六十艘驱逐舰遭到重创，损失舰载机机七百六十架，阵亡一万人，受伤三万。此役是利坚军在大洋战争中伤亡最大的战役，鉴于在战役中所付出的惨重伤亡，利坚军没有举行大规模的庆祝活动。
利坚军以如此巨大的代价，攻占了生崇群岛，打开了意志本土的西南门户，取得了进攻意志本土的海空基地，为在意志本西南土登陆作战创造了有利条件。而战役期间利坚军在生崇群岛诸岛上建立起的航空基地网，进驻了大量的航空兵力，不仅可以有效地阻截意志军来袭的飞机，而且还可以起飞轰炸意志西南本土的中心地带，进一步加强对意志西南本土的战略轰炸。
此次战役，意志军十万守军，面对利坚军绝对优势的海空兵力和地面部队，在近乎孤立无援的情况下，坚持战斗三月有余，显示了意志军抗登陆能力之高，战斗意志之顽强，同时意志军所采取的战术，也为劣势军队组织有效的抗登陆战，提供了有益的经验，意志军主要凭借坑道、天然岩洞和山地反斜面阵地，尽量削弱利坚军的火力优势，并积极开展近战、夜战，组织小部队频繁实施猛烈反击，消耗利坚军的有生力量，虽然守备部队和航空兵力在战役中遭受了严重损失，但为本土防御争取到了宝贵的备战时间，并使利坚军深刻意识到对意志本土的登陆将遇到更加激烈和残酷的战斗。利坚军在作战中比较重视夺取战区制空权和制海权，依靠其绝对优势的海空力量，在确实掌握了求留群岛的制空权、制海权，切断对守军各种支援，并对登陆部队进行海空火力支援后，才实施登陆，为此，利坚军以航母编队和战略空军的b—29重轰炸机多次袭击意志九朱等地的意志军航空基地，由于意志军在九朱地区建有很多机场，而且分布分散，加上防空火力的有力掩护，利坚军的空袭一直未能将其彻底压制，所以利坚军的航母编队只得长期停留在生崇海域，充当登陆编队的屏障，在意志军神风特攻队的疯狂攻击下，蒙受了巨大的损失。