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人皇黄帝被玉皇大帝后羿召回天庭后，人间为了应对大旱，其中的两个部落东夷和九黎，按照祭司的预言派人前往桃花坳寻找天降玄女。一对好友苏茉和芙儿从此背负不同命运，一个作为朱雀玄女要保护九黎百姓，另一个作为青龙玄女要带领东夷夺取上游九黎的水源。一位玄女加七位星宿使者，便能组成一个团队，唤醒相应的神兽。但朱雀团队的第一次唤醒仪式却被东夷大将军百里寒破坏。为了再次唤醒神兽，东夷和九黎开始争夺白虎神杵和玄武神杵。百里寒利用苏茉与芙儿之间的感情纠葛，骗得白虎神杵和玄武神杵，成功唤醒青龙。为了阻止东夷奴役九黎百姓，苏茉带领朱雀团队再上昆仑山，寻找水源珠，并终于用水源珠的力量解救了干旱，开启了一个和平友好的新世界。
玉皇大帝后羿发现了自从女娲离去，人间已经不成样子，于是，又让人皇黄帝下凡。
人皇黄帝再次下凡后，统治有方，就在这时，有一个名叫蚩尤的九黎族首领，他十分强悍。蚩尤有八十一个兄弟，他们全是猛兽的身体，铜头铁额，吃的是沙石，凶猛无比。他们还制造刀戟□□各种各样的兵器，常常带领他的部落，侵略别的部落。
有一次，蚩尤侵占了炎帝的地方，炎帝起兵抵抗，但他不是蚩尤的对手，被蚩尤杀得一败涂地。炎帝没法子，逃到涿鹿请求人皇黄帝帮助。人皇黄帝早就想除去这个各部落的祸害，于是，腾云驾雾，往天庭前去，人皇黄帝来到凌霄宝殿面见皇兄玉皇大帝后羿，禀明情由，人皇黄帝请到圣旨，回来后，便联合各部落，准备人马，在涿鹿的田野上和蚩尤展开一场大决战。
人皇黄帝在人间驯养了熊、罴、貔、貅、貙、虎六种野兽，在打仗的时候，就把这些猛兽放出来助战。蚩尤的军队虽然勇猛，但是遇到人皇黄帝的军队，加上这一群猛虎凶兽，也抵挡不住，纷纷败逃。
人皇黄帝带领军队乘胜追杀，忽然天昏地黑，浓雾弥漫，狂风大作，雷电交加，使人皇黄帝的军队无法追赶。原来蚩尤请来了“风伯雨师”助战。人皇黄帝大败，但他不甘示弱，腾云驾雾来到了天庭，人皇黄帝向他的皇兄玉皇大帝后羿求助，玉皇大帝后羿派九天玄女下凡帮助人皇黄帝，驱散了风雨，一刹那之间，风止雨停，晴空万里，终于把蚩尤打败了。
人皇黄帝将蚩尤押赴天庭凌霄宝殿，玉皇大帝后羿听闻人皇黄帝之言，命天兵天将将蚩尤押赴斩妖台就地正法，魂魄打入十八层地狱，层层受苦，永世不得超生。