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与此同时，在早已被战争打破了宁静的南部大陆上，四分五裂的兽人残余势力正在为生存进行着艰苦的战斗。虽然格罗姆?地狱咆哮和他的战歌氏族逃离了追捕，但死亡之眼和他的血窟氏族却被囚禁在了洛丹伦的俘虏收容所中。他们发动了一次暴动，但收容所的看守很快就从兽人手中夺回了控制权。
伊利丹很清楚，基尔加丹绝对不会对他的失败善罢甘休，便逃向荒凉的外域，这里是德拉诺的残留地域，曾经是兽人的家园。伊利丹决定在这里避避风头并计划他的下一步行动。在成功地阻止了伊利丹之后，玛法里奥和泰兰德回到灰谷的家园去照顾他们的人民。然而玛维并不打算善罢甘休，她尾随伊利丹来到外域，下决心要把他带回去接受审判。
为了找寻他自己的氏族，萨尔向北方旅行，期望能碰到传说中的霜狼氏族。萨尔了解到古尔丹曾经在第一次战争早期流放了霜狼氏族，他也了解到了他就是兽人英雄杜隆坦——在20年前被谋杀的霜狼氏族的酋长——的唯一子嗣。
就在这一年，我们的男猪脚迪亚戈·阿斯纳尔来到了美丽壮阔的艾泽拉斯。
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现在的阿尔萨斯作为新的不朽的巫妖王占据着诺森德，据说他正在那里重建寒冰皇冠城堡，而他所信任的副官克尔苏加德则统领着瘟疫之地的天灾部队。希尔瓦娜斯和她的反叛亡灵力量仅仅控制着提瑞斯法林地，那只是被饱经战乱的洛丹伦王国的一小部分。
在政治骚乱的同时，许多收容所的看守开始注意到他们的兽人囚犯发生了令人困惑的变化。兽人试图越狱逃跑的行为，甚至是他们内部的斗殴都大幅度减少，兽人们变得越来越冷漠和嗜睡。虽然这很难相信，但兽人——这个曾经是艾泽拉斯大陆上最具侵略性的种族——开始丧失战斗的欲望。这种奇怪的现象令联盟的领导人感到莫名其妙并继续影响着这些急剧衰弱的兽人。
29格瑞姆巴托之战
在值得尊敬的萨满祭司德雷克塔尔的保护下，萨尔学习了在古尔丹的邪恶统治下被兽人遗忘的古老萨满文化。一段时间之后，萨尔成为了一位强大的萨满祭司并成为了霜狼氏族的酋长。在元素的帮助下，萨尔决定解放被囚禁的氏族并将他们从恶魔的诱惑中解救出来。
在世界各地都有一些强大的人类愿意听从巫妖王从诺森德发出的精神召唤，其中最著名的就是达拉然的大法师克尔苏加德，他曾是统治达拉然的法师议会肯瑞托的一员。多年以来，克尔苏加德一直被认为是一个异类，因为他坚持研究被禁止的通灵术。在热切地学习完魔法世界中他能接触到的所有知识后，克尔苏加德对眼前的同辈们过时和缺乏想象力的教条感到很沮丧。在听到耐奥祖的召唤之后，渴求黑暗知识的大法师倾尽全力与这个神秘的声音沟通，最终发誓要从强大的巫妖王那里学习所有他能够学习的东西。
伊利丹同意了这个计划，并立刻开始准备摧毁囚禁着巫妖王灵魂的冰晶块：冰封王座。伊利丹知道他需要一件强大的神器来摧毁冰封王座，于是他准备用从古尔丹的记忆中得到的知识去寻找萨格拉斯之墓并得到黑暗泰坦的遗物。他将那些蛇一般的那迦从黑暗的深海巢穴中召唤出来。在狡猾的首领瓦辛的带领下，那迦帮助伊利丹寻找传说中萨格拉斯之墓所在的破碎岛屿。
40瘟疫之地的内战
在这场混乱当中，一个孤独而神秘的预言者给危难之中的弱小种族提供了指引。这个预言者不是别人，正是最后一位守护者，麦迪文，他正在努力挽救自己犯下的错误。麦迪文告知兽人部落和人类联盟，危险就在眼前，双方应该即刻联合起来。但是由于世代交恶，他们是不可能合作的。麦迪文不得不分别警告兽人和人类，即便是使用预言术或者欺骗的手段，也要引导他们渡过大海，前往传说中的大陆——卡利姆多。兽人和人类很快就遇到了隐居很久的卡多雷文明。
经过数月的漫长准备，克尔苏加德率领他的诅咒教派向洛丹伦发起了第一轮攻击，释放了亡灵瘟疫。乌瑟尔和他的圣骑士们调查了受瘟疫感染的地区，希望能找到一种解救的办法。他们不断地努力，但是瘟疫仍然在扩散，甚至威胁到了联盟的统一。
走投无路之下，凯尔和他的血精灵们只得跟随伊利丹来到外域，并帮助他对付典狱官玛维。玛维本已将伊利丹抓获，却被血精灵和那迦联手击败，伊利丹也被重新解放。伊利丹将外域作为自己的基地，为了向巫妖王和他的寒冰皇冠要塞发起新一轮的进攻而聚集着力量。
最后，阿尔萨斯把克尔苏加德的尸骨浸没在太阳之井的圣水中。尽管永恒的圣水因此受到了污染，克尔苏加德却复活成为了一个法力强大的巫妖，重获新生之后的克尔苏加德向阿尔萨斯解释了巫妖王的下一步计划。当阿尔萨斯和他的亡灵军队挥师南下时，奎尔萨拉斯已是死寂沉沉。屹立了九千多年的高等精灵的王城从此不复存在。
33克尔苏加德和天灾军团的建立
在燃烧军团对灰谷展开入侵期间，伊利丹结束了他在地牢中近万年的囚犯生涯。他曾尽力让他的伙伴对他安心，但很快他就原形毕露，吸收了一个被称为“古尔丹之颅”的强大术士神器的能量。完成吸收之后的伊利丹变化成了一个拥有恶魔外表和强大力量的生物，他还获得了古尔丹的一部分记忆，特别是关于萨格拉斯之墓——那座传说中位于一座小岛上的，埋藏着黑暗泰坦萨格拉斯遗骸的地牢。
暗夜精灵团结一心，坚决抵抗燃烧军团。然而燃烧军团一刻也没有停止过对永恒之井的渴望，始终妄想得到世界之树的力量。如果他们的计划得逞，世界将在这群恶魔的手中彻底毁灭。
阿尔萨斯的恐惧和决心导致了他最终的覆灭。他追踪瘟疫的源头直到诺森德大陆，想要彻底消除瘟疫的威胁。然而，阿尔萨斯王子最终成为了巫妖王的猎物，他拔出了被诅咒的魔剑——霜之哀伤，因为他深信这么做可以挽救自己的臣民。虽然这把剑的确给他带来了深不可测的力量，但它同时也夺取了王子的灵魂，使他变成巫妖王手下最强大的死亡骑士。彻底丧失心智的阿尔萨斯带领亡灵天灾回到了自己的王国。最终，阿尔萨斯刺杀了他的父亲——泰瑞纳斯国王，随后又率领巫妖王的大军踏平了整个洛丹伦。
在兽人被打败后，联盟各国的领导人开始为领土和政治问题争论不休。洛丹伦王国的泰瑞纳斯国王估计他们在困难时期签订的那些脆弱的条约将无法继续保持下去，他说服了联盟的领导人，让他们拿出一些钱和劳力，重建了被兽人摧毁的暴风要塞。这些费用以及维持兽人俘虏收容所正常运转所需的高额费用，让许多领导人－－尤其是吉尔尼斯王国的国王吉恩·灰发－－感到他们最好退出联盟，从而不用负担这些开销。
数月之后，更多的兽人囚犯被投入了收容所。随着各地的收容所爆满，联盟不得不在奥特拉克山脉南部的平原上修建新的收容所。为了更好地维持和供给数目不断增长的收容所，洛丹伦王国的泰瑞纳斯国王向所有联盟成员国征收新的税款。这项新税和日益升级的边界争执使得联盟陷入了极其不稳定的状态。从各方面的情况看来，在人类王国最黑暗和最困难的时期签定的那些条约随时可能被撕毁。
尽管获得了战争的胜利，但艾泽拉斯的各个种族却发现他们的世界早已被战争所摧毁。亡灵天灾和燃烧军团毁灭了洛丹伦的文明，卡利姆多也几乎遭受同样的命运。这里有饱经创伤的森林需要治愈，有无边的仇恨需要忘却，人民需要新的家园来定居。战争重创了每一个种族，但他们无私地合作，想要创造一个新的开端。这一切都从联盟和部落之间极为来之不易的停战开始。
最终,希尔瓦娜斯和她的亡灵叛军（他们被称作被遗忘者）将洛丹伦都城的废墟占为己有。被遗忘者在都城的残骸下建立起了自己的基地，他们发誓要击败天灾并将克尔苏加德和他的仆从赶出大陆。
39血精灵的崛起
36太阳之井—奎尔萨拉斯的沦陷
一些人认为，是一种奇怪的、只会感染兽人的疾病使兽人变成了这副昏昏欲睡的样子。但达拉然的大法师安东尼达斯提出了另一种假说：在研究了他所能了解的所有兽人历史之后，安东尼达斯发现兽人已经受恶魔的力量影响长达数百年之久。他认为兽人早在第一次入侵艾泽拉斯之前就已经被恶魔的力量引诱而堕落了。很明显，恶魔毒害了兽人的血液，作为交换，他们给了兽人异乎寻常的力量、耐力和侵略性。
在寻找更多沉睡的德鲁伊时，玛法里奥发现了关押他的亲生兄弟伊利丹的石牢。泰兰德相信伊利丹将助他们一臂之力，于是就把他释放了出来。虽然伊利丹确实帮助了他们一段时间，但他最终还是走上了自己的道路。
作为他的人民所获得新生的象征，萨尔回到了布莱克摩尔的敦霍尔德城堡并解放了收容所中的兽人。但是，在解放一座收容所的战斗中，毁灭之锤战死了。萨尔拿起了毁灭之锤那传奇般的战锤，穿上了他的黑色板甲，成为了新的兽人领袖。在接下来的几个月里，萨尔的部落扫平了许多收容所，并使联盟花费了极大精力来应付他精明的战术。在他最好的朋友兼顾问格罗姆·地狱咆哮的鼓励下，萨尔为了确保没有兽人再次成为奴隶——无论是人类还是恶魔的——而战斗着。
当麦迪文劝说兽人和人类组成联盟的时候，暗夜精灵依靠他们的力量独力对抗着燃烧军团。暗夜精灵的大祭司泰兰德·风语者独立奋战，将恶魔和亡灵抵挡在灰谷外。泰兰德也感到她需要援兵，于是，她前去唤醒沉睡了千年的德鲁伊们。有了爱人玛法里奥·怒风的帮助，泰兰德成功地加强了防御，击退了燃烧军团。大自然在德鲁伊的帮助下击溃了燃烧军团和亡灵天灾。
亡灵的威胁横扫洛丹伦，国王泰瑞纳斯的独子——阿尔萨斯王子担当起了对抗亡灵天灾的重任。阿尔萨斯成功地消灭了克尔苏加德，但是亡灵的军队并没有因此而减少，反而有更多阵亡的人类士兵成为了新的亡灵。面对势不可挡的强大力量和失败的挫折感，阿尔萨斯采取了更极端的抵抗措施。最后，阿尔萨斯的战友告诫他，不要因此丧失了高贵的人格。
当萨尔在洛丹伦释放其同胞弟兄的时候，耐奥祖继续在诺森德大陆巩固他的基地，他在寒冰皇冠上空建立起了一座巨大的城堡以控制庞大的亡灵军团。但在巫妖王拓展他的疆域时，一个孤单、隐秘的王国开始与他的力量进行对抗。这个被称为艾兹卓－尼拉布的古老的地下王国是由一个残忍的类人蜘蛛种族建立的，他们派出精锐部队袭击了寒冰皇冠，并使耐奥祖打消了征服他们的疯狂念头。耐奥祖沮丧地发现这些蜘蛛对他的心灵控制完全免疫，并且强大到足以和他的亡灵大军一较高下。
巫妖王耐奥祖知道自己已经时日不多了。被囚禁在冰封王座之中的他怀疑基尔加丹会派出手下来毁灭自己，伊利丹的咒语造成的伤害破坏了冰封王座，巫妖王的力量因而一天天地丧失。于是，急于自保的耐奥祖将他最强大的手下——死亡骑士阿尔萨斯召唤到身边。
阿尔萨斯和亡灵天灾侵入奎尔萨拉斯，将精灵围困在脆弱的防线后。银月城的游侠领袖希尔瓦娜斯·风行者奋勇战斗，但仍不敌阿尔萨斯。阿尔萨斯摧枯拉朽般地击溃了精灵的部队，顺利进入了太阳之井。作为展示他的力量的手段，他把希尔瓦娜斯的遗体变成女妖，使她永远不死，永远向阿尔萨斯这个奎尔萨拉斯的征服者效忠。
34联盟的分裂
学识丰富但毫无经验的萨尔决定从布莱克摩尔的堡垒中逃跑并寻找他的同胞。在旅途中，萨尔访问了俘虏收容所，并发现他那一度强大的族群变得懒散虚弱，在这里找不到他希望发现的值得骄傲的战士。萨尔继续寻找最后的兽人酋长，格罗姆·地狱咆哮，虽然人类在不断追捕格罗姆，但他仍然保持着兽人旺盛的战斗欲望。在他的战歌氏族的帮助下，地狱咆哮为解放他那些被压迫的同胞而不懈战斗。不幸的是，地狱咆哮永远也找不到解救他们的办法。萨尔被地狱咆哮的坚定所感动，下定决心要找回兽人的战斗传统。
在伊利丹和那迦出发的同时，典狱官玛维·影歌也开始了对他的追捕。玛维在这一万年里一直担任伊利丹的看守，她相信自己可以重新抓获伊利丹。然而，狡猾的伊利丹让玛维和哨兵们的努力化为泡影，并成功窃取了萨格拉斯之眼。伊利丹带着这个强大的神器来到魔法之城达拉然。城市里的能量装置强化了伊利丹的力量，他开始使用萨格拉斯之眼施展一个毁灭性的法术来对付位于遥远的诺森德大陆上的巫妖王。伊利丹的法术粉碎了巫妖王的防御力量并割裂了世界之脊。在最后的时刻，这个毁灭性的咒语被赶来支援玛维的玛法里奥和女祭司泰兰德所阻止。